城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰)、拉斐尔(阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰)、多纳泰罗(杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍 Noel Fisher 饰)与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯 Megan Fox 饰)、韦恩·芬威克(威尔·阿奈特 Will Arnett 饰),及面具义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰)并肩作战打击恶徒。在史莱德(布莱恩·泰 Brian Tee 饰)逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼(泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰)及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手
麦克(马克·沃尔伯格 Mark Wahlberg 饰)是位于墨西哥湾的石油钻塔深水地平线号上的安全维修人员,在和妻子弗里西亚(凯特·哈德森 Kate Hudson 饰)告别之后,麦克将再度面对长达21天的连续作业。麦克的工作经验非常的丰富,在他任职期间,钻塔上没有发生过任何的生产事故,他因此深受上司和同事们的信赖。
项目负责人唐纳德(约翰·马尔科维奇 John Malkovich 饰)希望能够加快开采的进程,但麦克表示这将带来很大的安全隐患。唐纳德并没有听取麦克的警告,而是一意孤行,导致钻塔中发声了剧烈的爆炸。霎时间,火海淹没了工人们,126名钻井工人被困在死亡的边缘线上。
由于邪恶势力肆意蔓延,一群具有超群实力的正义之士挺身而出,他们戴着面具,身着奇装异服,与各种坏蛋展开较量。不久,他们的英雄事迹通过媒体传遍全国,美元钞票、丝绸鬼魂、罗夏、城市队长等超级英雄的名字广为传播,他们更参与到大大小小的重大事件之中,也因各自的性格遭受着不同的命运。但是在20世纪70年代,政府出台的法令导致一部分不愿成为权贵爪牙的英雄退休,超级英雄集团由此分化。
1985年的一天,效力政府的超级英雄“喜剧演员”爱德华·布莱克(杰弗里·迪恩·摩根 Jeffrey Dean Morgan 饰)被人杀害。四处逃亡的“罗夏”的沃尔特·科瓦奇(杰基·厄尔·哈利 Jackie Earle Haley 饰)意识到有人正向曾经的超级英雄痛下杀手,而这背后隐藏着更大的阴谋…