在上一集中，爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）救出了被冷冻的同伴们，众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后（Megan Charpentier 饰）的程序发生了错误，变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻，失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克（肖恩·罗伯茨 Shawn Roberts 饰）通过病毒侵入了保护伞公司的系统，他放走了爱丽丝并告诉她，她是人类最后的希望，而为了拯救人类，他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达王（李冰冰 饰），两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时，爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队，从外向内进行突围。 　　保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市，并使用克隆人作为T病毒的实验对象...

纽约市一场灾难性的核爆炸后，乔什（米洛·文提米利亚 Milo Ventimiglia 饰）、米奇（迈克尔·比恩 Michael Biehn 饰）、玛丽琳（罗姗娜·阿奎特 Rosanna Arquette 饰）、萨姆（罗姗娜·阿奎特 Rosanna Arquette 饰）、达尔文（考特尼·万斯 Courtney B. Vance 饰）、伊娃（劳伦·日尔曼 Lauren German 饰）、艾德里安（阿什顿·霍尔莫斯 Ashton Holmes 饰）、波比（迈克尔·艾克朗德 Michael Eklund 饰）这8个陌生人躲进了一座公寓大楼的地下室中。突然一群身着核生化防护服的武装人员出现，掳走了幸存者中的小女孩并准备要杀死剩下的所有人，幸存者们反抗并杀死了武装人员。但地下室的大门被武装人员从外面封死了，人们被困在了地下室中。随着时间的流逝，幽闭恐惧症让这次从避难所变成了牢笼人们开始绝望，已经开始心理扭曲，做出了一些常人难以想象的的事……

1850年，南太平洋，美国公证人亚当·尤因（吉姆·斯特吉斯 Jim Sturgess 饰）在船上被不明寄生虫病折磨，他用日记记录下自己所见所闻；1931年，苏格兰，落魄青年罗伯特·弗罗比舍（本·卫肖 Ben Whishaw 饰）为音乐大师记录曲谱，受到半本旅行日记的启发创作出了恢宏壮阔的《云图六重奏》；1975年，美国加州，小报记者路易莎·雷（哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰）冒着生命危险调查一桩核电站丑闻，在老唱片店她被一首不知名的乐章打动；2012年，英国伦敦，被囚禁在养老院的出版商蒂莫西·卡文迪什（吉姆·布劳德本特 Jim Broadbent 饰）揣着一叠由女记者写成的纪实文学，打算将自己的“越狱经历”拍成电影；乌托邦未来，首尔，餐厅服务员克隆人星美-451（裴斗娜 Doona Bae 饰）开始形成自我意识和反抗人类，她在人类图书馆看了一部飞跃老人院的电影；文明毁灭后的未来，夏威夷，牧羊土着扎克里（汤姆·汉克斯 Tom Hanks 饰）对高科技文明的先知心怀敌意，他的部落唯一相信的女神叫星美……不同的人物、场景和事件在时空中更迭变幻，不变的是每个主角身上都带有彗星形状的胎记。它像亘古灵魂的烙印，将人性中的反抗精神代代延续，最终织成一幅浩瀚璀璨的云图。©豆瓣